Фамилия Мукштанова — редкий случай, когда географический и языковой следы почти не расходятся. Скорее всего, её основа — тюркское слово «мукыш» или «мукши», которое в разных диалектах означало «бедняк», «нищий» или, реже, «смиренный, тихий человек». В башкирском, татарском и казахском языках есть близкие по звучанию корни с похожей семантикой. Если так, то прозвище Мукштан давали либо человеку, жившему в нужде, либо, напротив, тому, кто не роптал и отличался кротким нравом — в народе нередко закрепляли прозвище по внешнему или внутреннему качеству, а не по реальному достатку.

Суффикс «-ан» в основе (Мукштан) — типичный для тюркских имён и прозвищ, он часто придаёт оттенок носителя признака: «тот, кто такой». А окончание «-ова» — уже чисто русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность. То есть фамилия строится по модели «сын (или дочь) Мукштана». Такое смешение тюркской основы и русского форманта — верный признак того, что фамилия сложилась в среде, где русский язык стал языком делопроизводства и фиксации, а сами носители или их предки говорили на одном из тюркских языков. Чаще всего это Поволжье, Приуралье или южный Урал — регионы, где веками жили татары, башкиры, мишари.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с этнонимом «мукши» (одно из средневековых названий мордвы-мокши). В этом случае фамилия могла означать «потомок мокшанина», но здесь приходится допустить, что исходная форма была Мокштанов, а потом изменилась под влиянием местного произношения. Однако аканье (переход «о» в «а») в таком корне нетипично для мордовских языков, поэтому версия с прозвищем от «бедняк» выглядит убедительнее.

Фамилия очень редкая. В открытых базах данных она встречается единично, преимущественно в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области. Это косвенно подтверждает её тюркское происхождение. Сословная история, скорее всего, крестьянская или мещанская — фамилии такого типа редко попадали в дворянские родословные книги.

Коротко: Мукштанова — русская по форме, но тюркская по корню фамилия. Её носители — потомки человека, которого в своём селе прозвали Мукштаном за бедность или смирение. Фамилия хранит память о том, что предки жили на стыке языков и культур, где русское имя могло вырасти из тюркского слова.