Фамилия Муковенков образована от прозвища или мирского имени Муковенок, а тот, в свою очередь, связан с ремеслом или торговлей мукой. Основа фамилии — «мука», «муковня» (помещение для хранения или переработки муки). В русских говорах «муковен» или «муковник» — это работник на мельнице, занимающийся просеиванием, фасовкой или продажей муки. Суффикс -енок (-онок) в исходном прозвище указывал на молодого человека или подмастерья: Муковенок — «сын муковника» или «маленький помощник при муке». Форма Муковенков — это уже вторичное отчество: «чей?» — Муковенков, то есть потомок Муковенка.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий центральных и южных регионов. Суффикс -ов после основы на -енок закрепил фамилию в письменных документах. В отличие от более частых фамилий на -ин (Муковнин, Мукин), вариант с -енков встречается реже и говорит о том, что прозвище бытовало в живой речи как уменьшительно-ласкательное или профессионально-иерархическое. Если бы предок был просто мельником, фамилия могла бы стать Мельниковым. Муковенков же подчёркивает не столько владение мельницей, сколько работу с готовым продуктом — мукой.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям — Курской, Орловской, Тамбовской губерниям, где было развито мукомольное производство и хлебная торговля. Встречаются также варианты написания Мукавенков (с аканьем) и Муковёнков (с ударением на ё), но основная форма закрепилась через букву о, как в слове «мука». В дореволюционных переписях Муковенковы числились в основном среди крестьян и мещан, реже — купцов, что подтверждает бытовое, ремесленное происхождение фамилии.

Фамилия не имеет отношения к украинскому «мука» (страдание) — это случайное созвучие. Корень здесь сугубо хозяйственный, и предок Муковенковых, скорее всего, не страдал, а кормил людей хлебом.