Фамилия Муковенкова — женская форма от Муковенков, и её разумнее начинать разбирать с мужского варианта. Это типичная русская фамилия с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Муковенка. Основа — прозвище Муковенок, и вот здесь начинается главная загадка.

Слово «муковенок» в современном русском языке не встречается, но его корень — «мук-» (от «мука»). Суффикс -енок в русских прозвищах часто указывает на молодое существо или детёныша: волчонок, лисёнок. Соответственно, Муковенок — это «тот, кто связан с мукой», но не просто мельник или пекарь, а, скорее, помощник, подмастерье или мальчик на побегушках при мельнице или амбаре. В словаре Даля есть слово «муковня» — помещение, где хранят муку. Муковенком могли прозвать работника на муковне, ребёнка, который возился с мукой, или просто человека с бледным, «мучнистым» лицом.

Версия о происхождении от слова «мука» (страдание) маловероятна. Прозвища от абстрактных понятий встречаются реже, а суффикс -енок прилагается к конкретным предметам и занятиям. Кроме того, в южнорусских и украинских говорах встречается слово «муковий» — мучной, что делает основу «муков-» вполне реальной для прозвища.

Географически фамилия Муковенков (и Муковенкова) редкая, но встречается в центральных областях России, особенно в Курской и Белгородской. Это косвенно подтверждает связь с земледельческими регионами, где мукомольное дело было одним из основных. В XIX веке носители фамилии числились в основном крестьянами и мещанами, а не дворянами. Уникальность фамилии в том, что она сохранила редкую словообразовательную модель: не просто Муков (от «мука»), а именно Муковенок, с уменьшительно-ласкательным оттенком, что типично для прозвищ, данных в быту, а не при переписи.