Фамилия Мукучекова — женская форма фамилии Мукучеков, и её происхождение уходит корнями в тюркские языки, скорее всего, в карачаево-балкарскую или кумыкскую среду. В основе лежит личное мужское имя Мукуч, которое представляет собой уменьшительно-ласкательную форму от более полного имени, например, Мухаммад (Магомед) или Мурат. В тюркской ономастике суффикс -уч (-ук) часто образует краткие, «домашние» варианты имён, как русские Саша или Ваня. Таким образом, Мукуч — это «маленький Мухаммад» или просто ласковое прозвище.

Добавление суффикса -ов/-ев (в женском роде -ова/-ева) — стандартный русский способ русификации фамилий, который массово применялся при переписях населения на Кавказе и в других регионах Российской империи. Местные жители, не имевшие наследственных фамилий, получали их по имени отца или деда. Поэтому Мукучеков — буквально «сын Мукуча», а Мукучекова — «дочь» или «жена» из рода Мукучековых.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, особенно к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Встречается она и у ставропольских туркмен, и у ногайцев, что указывает на широкий ареал распространения тюркского имени-основы. В русских документах XIX — начала XX века фамилия могла писаться по-разному: Мукучеков, Мукучоков, Мукучев — из-за неустойчивости записи тюркских звуков кириллицей.

Сословно предки Мукучековых чаще всего были крестьянами-скотоводами или мелкими ремесленниками, но не исключено, что имя Мукуч могло принадлежать и уважаемому старейшине рода. Точных данных об известных носителях фамилии в открытых источниках нет — это редкая фамилия, что делает её историю особенно локальной и связанной с конкретным родом.