Фамилия Мукышев — яркий пример того, как географическая привязка может быть важнее прямого значения корня. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён или прозвищ, эта фамилия почти наверняка тюркского происхождения и указывает на конкретный регион — Казахстан и прилегающие к нему области.

Основа фамилии — «Мукыш». Это мужское личное имя, распространённое у казахов, киргизов, каракалпаков и отчасти у башкир. В тюркской ономастике имя Мукыш (варианты — Мукыш, Мукыс) связывают с арабским корнем «мукис» — «устанавливающий цену», «оценивающий». В переносном смысле имя могло даваться ребёнку как пожелание стать справедливым, рассудительным человеком, способным верно оценить ситуацию. Однако есть и более прозаичная версия: в некоторых тюркских диалектах «мукыш» — прозвище человека с хриплым, «сиплым» голосом. Какая из версий верна для конкретного носителя, сказать трудно, но имя-пожелание выглядит более вероятным для официальной антропонимии.

Суффикс -ев (а не -ов) здесь не случаен. Он присоединился к основе, оканчивающейся на мягкий согласный (Мукыш → Мукышев), что абсолютно нормально для русской адаптации тюркских фамилий. Фамилия образована по отчеству: «сын Мукыша». Важно, что фамилия Мукышев не является исконно русской в смысле происхождения из центральных областей России. Её носители — это потомки тюркских народов, которые в разное время вошли в состав Российской империи и получили фамилии по отцу при переходе к оседлости или при документировании в XIX—XX веках.

Словообразовательная модель проста: имя Мукыш + русский патронимический суффикс -ев. Редкость фамилии в том, что она не имеет распространённых однокоренных «конкурентов» в русском языке. Вы не найдёте фамилию Мукин или Муков с тем же корнем — они будут иметь другое происхождение. Это делает Мукышева узко-локальной фамилией, сконцентрированной в основном в Западном Казахстане, Астраханской области и среди казахской диаспоры. Встретить её, скажем, в Архангельской губернии практически невозможно.

В сословном плане предки носителя фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, входившими в родовую общину. Фамилия не дворянская, не купеческая — она маркирует человека из народа, получившего фамилию по имени деда или отца при общей унификации документов.