Фамилия Муллагалеева происходит от мужского имени Муллагали (в просторечии — Муллагалей), которое носит составной характер. Первая часть имени восходит к арабскому слову «мулла» — «наставник, учитель, духовный глава». Вторая часть — Гали (фонетический вариант имени Али) — переводится с арабского как «высокий, возвышенный», а также «человек высокого звания, высокого достоинства». У мусульман-шиитов Али почитается как первый законный правитель и преемник пророка Мухаммада, поэтому имя Муллагали осмысляется как «наставник Али».

Сама модель образования фамилии типична для тюркских народов, исповедующих ислам: к полной форме имени добавлялся русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягких согласных). Так из отчества «сын Муллагали» возникла фамилия Муллагалеев, а женская форма Муллагалеева закрепилась за потомками по мужской линии. Подобные фамилии массово фиксировались у татар и башкир в XIX — начале XX века, когда имперская администрация вводила обязательные наследственные фамилии для мусульманского населения.

Имя Муллагали было распространено в среде духовенства и образованных людей: так нередко называли сыновей мулл, а также детей, которых родители желали видеть религиозными наставниками. Встречались и варианты написания — Муллагалеев, Муллагалиев, — что связано с разной передачей безударных гласных в документах.

Процесс формирования фамилий у тюркских народов был длительным и неравномерным, поэтому точно указать место и время возникновения конкретного рода Муллагалеевых можно только по итогам генеалогического исследования: изучения метрических книг, ревизских сказок и архивных записей. Однако в целом фамилия устойчиво указывает на то, что предки носителей были связаны с мусульманской традицией и, вероятно, имели отношение к религиозному образованию или почитали духовный авторитет, отражённый в имени основателя рода.