Фамилия Мураки — один из тех случаев, когда прозвище застыло во времени почти без изменений. В основе лежит слово «мурака» или «муракий». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «муракой» называли угрюмого, молчаливого или нелюдимого человека. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «мура́ка» в значении «мрачный, суровый человек», а также «мура́чить» — дурить, морочить, обманывать. Отсюда идёт вторая версия: прозвище могли дать плутоватому или несерьёзному человеку, который «мурачит» голову.

Фамилия образована без типичного русского суффикса -ов/-ев или -ин. Это так называемая «чистая» основа, когда прозвище перешло в фамилию целиком. Такая модель встречается реже и характерна для украинской, белорусской или южнорусской традиции, где фамилии на -а, -о, -ий нередко оставались без патронимического суффикса. В русском языке фамилии на -а обычно имеют женское окончание, но Мураки — это множественное число или форма родительного падежа, закреплённая за родом. Встречается и вариант Мурака, от которого пошло «Мураки» как указание на принадлежность роду: «чьи? — Мураки».

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. Встречаются носители и среди украинцев, что подтверждает южное происхождение модели. Сравните с однокоренными фамилиями: Муракин (с суффиксом -ин), Мураков (с суффиксом -ов) — они образованы от того же корня, но по более привычной схеме. Мураки стоит особняком: это либо прозвище, которое не стали русифицировать, либо фамилия, закрепившаяся в форме множественного числа (как, например, фамилии Косых, Босых, но с другим окончанием).

Слово «мурака» могло быть и тюркским заимствованием. В тюркских языках «мурак» означает «желание», «стремление», «охота». Но для русской фамилии эта версия маловероятна: слишком далека семантика от бытового прозвища. Намного правдоподобнее, что предки носителя фамилии Мураки получили её за характер — нелюдимый, хмурый или, наоборот, склонный к розыгрышам и обману.