Фамилия Муратканова — женская форма от Муратканов, и её разбор лучше начать не с корня, а с модели образования. Она принадлежит к типичной для тюркских народов, особенно для башкир, татар, казахов, патронимической модели на -ов/-ев. Суффикс -ов здесь говорит о происхождении от личного имени отца: Муратканов буквально означает «потомок Мураткана». В отличие от чисто русских фамилий, где -ов часто присоединялся к прозвищам или профессиям, в тюркской среде он закрепился в основном за именами. Окончание -а в женском варианте — стандартная грамматическая адаптация под русский язык.

Основа фамилии — составное мужское имя Мураткан. Оно состоит из двух частей: арабского «Мурат» (желанный, цель) и тюркского «кан» (кровь, в именах — хан, владыка, сильный). Сложение таких элементов — распространённый приём в мусульманских именах Поволжья и Урала: первая часть даёт смысловую окраску, вторая добавляет статусности. Получается «желанный хан» или «цель правителя». Имя фиксировалось в метрических книгах Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний у башкир и татар, реже у казахов.

Географически фамилия Муратканова чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане и Челябинской области. В дореволюционных переписях носители записывались как тептяри (сословная группа башкир и татар) или государственные крестьяне. В некоторых случаях фамилия могла возникнуть независимо в разных родах, если несколько человек носили имя Мураткан. Это не редкая, но и не массовая фамилия: её носители — потомки людей, получивших фамилию по отцу в XIX веке, когда у башкир и татар начали массово закреплять родовые прозвания.

В русском языке фамилия сохраняет ударение, характерное для тюркских имён: на последний слог основы — Муратка́нов. Вариант с ударением на первый слог (Му́раткан) встречается, но считается диалектным или результатом обрусевания. В написании иногда путают с фамилией Муратханов (через «х»), но это разные имена: Муратхан — «хан по имени Мурат», а Мураткан — «желанный хан». Разница в одной букве меняет смысл второй части.

Если коротко: предки носительницы этой фамилии — мужчина по имени Мураткан, живший, скорее всего, в XIX веке на Южном Урале или в Заволжье, и его дети, ставшие Мураткановыми.