Фамилия Муркаева — женская форма фамилии Муркаев, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, которое легло в основу. Скорее всего, в основе лежит тюркское имя Муркай или Мурка, которое восходит к слову «мур» — в ряде тюркских языков это означает «печать», «клеймо», а также может быть связана с понятием «святость» или «метка». В таком случае Муркай — это человек, имеющий особую метку или знак, либо имя с пожеланием быть отмеченным.

Модель образования простая: основа Мурка(й) + типичный русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность: «чей?» — Муркаев, то есть сын Муркая. Суффикс -ев, а не -ов, ставится, если основа заканчивается на мягкий согласный или й (Муркай → Муркаев). Это стандартная схема для русских фамилий, возникших в среде, где тюркские имена адаптировались через русскую грамматику.

Географически фамилия Муркаева встречается прежде всего в регионах России с исторически сильным тюркским влиянием — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди башкир и татар. Встречается она и у казахов, но там форма обычно оканчивается на -ев или -ова. Среди русских фамилия тоже бытует, но реже, и почти всегда как наследие от смешанных браков или переселений.

Спорных версий немного. Иногда основу связывают с диалектным русским словом «мурка» — так в некоторых говорах называли кошку. Но это маловероятно: прозвища вроде «Кошка» давали, но суффикс -ев в таком случае дал бы фамилию Муркин, а не Муркаев. К тому же фамилия явно тяготеет к тюркскому ареалу, так что версия с кошкой — натяжка.

Таким образом, предки человека с фамилией Муркаев, скорее всего, были тюркоязычными (татарами, башкирами) и носили личное имя Муркай. Фамилия закрепилась в XVI–XVII веках, когда русская администрация фиксировала инородцев по отчеству. Никаких сведений о дворянском происхождении или массовой известности носителей нет — это фамилия крестьянского или служилого сословия, распространённая в Поволжье и Приуралье.