Фамилия Муркеева — женская форма, а мужская — Муркеев. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяли к основе, оканчивающейся на мягкий согласный. В данном случае основа — прозвище или имя Муркей.

Самое вероятное происхождение корня — от тюркского слова «мур» или «мурза» (князь, господин, знатный человек) с уменьшительно-ласкательным суффиксом -кей. В татарском и башкирском языках «мурза» (мирза) — титул знати, а форма «Муркей» могла быть бытовым, домашним вариантом имени или прозвища для человека, которого в шутку или всерьёз величали «князьком». Такая модель образования — от тюркского титула с русским суффиксом — встречается в Поволжье и на Урале, где русские и татары веками жили рядом.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «муркать» (мурлыкать, издавать глухой звук) или со словом «муркот» (ворчун, недовольный человек). Тогда Муркеем могли прозвать за характер или манеру речи. Однако тюркская версия выглядит убедительнее, потому что фамилия распространена в регионах с сильным татарским влиянием — в Башкортостане, Татарстане, Челябинской и Оренбургской областях.

С точки зрения словообразования фамилия Муркеев старше, чем кажется: суффикс -ей в прозвищах (как в фамилиях Алексеев, Андреев) был продуктивен в XV–XVII веках. Это значит, что предок носителя фамилии мог жить ещё в допетровскую эпоху. Социального статуса фамилия не указывает — Муркеевы могли быть и крестьянами, и служилыми людьми, и купцами, так как прозвище «князёк» не всегда отражало реальное происхождение, а часто было ироничным или уважительным.

Встречается также вариант написания с буквой «ё» — Муркёев, что не меняет значения, но может указывать на разное произношение в местных говорах.