Фамилия Мурсуканов — редкий случай, когда основа почти наверняка восходит к тюркскому имени, а суффикс указывает на русский способ оформления фамилии. В центре здесь стоит мужское имя Мурсукан, которое состоит из двух частей: «мур» (возможные варианты — «мир», «эмир») и «сукан» (уменьшительная форма от имени Сук, Сок, распространённого у тюркских народов). Получается сложносоставное имя со значением вроде «эмир Сук» или «господин из рода Сук». Суффикс -ов в конце — типичный русский патронимический показатель, означающий «сын» или «принадлежащий». Таким образом, Мурсуканов буквально — «сын Мурсукана».

География фамилии подсказывает, что её корни, скорее всего, в среде казанских татар, башкир или ногайцев. Имя Мурсукан встречается в документах XVII–XVIII веков среди служилых татар и башкир, которые после присоединения Поволжья к России нередко получали фамилии по отцу с русским окончанием. В переписных книгах Казанского уезда можно найти упоминания людей с именем Мурсукан, но фамилия в современном виде закрепилась позже, к XIX веку.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, где основа легко читается как прозвище или профессия (Кузнецов, Плотников), Мурсуканов держится на личном имени. Это значит, что предок носителя фамилии не был известен ремеслом или внешностью, а выделялся именно именем, возможно, полученным при рождении или при переходе в ислам. Двойная структура «мур» + «сукан» встречается и у других татарских фамилий (Мурзаканов, Мурсалимов), что подтверждает продуктивность этой модели.

В написании фамилии возможны варианты: Мурсуканов (с буквой «у» после «р») и Мурсаканов (с «а»). Первый вариант — основной, второй может быть следствием акающего произношения в некоторых говорах. Спорных версий, связывающих фамилию с арабскими корнями напрямую, немного: слово «мурсук» в арабском языке не зафиксировано в значении, которое могло бы стать прозвищем, поэтому тюркское имя остаётся единственным надёжным объяснением.