Фамилия Муруметс — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет отчетливое прибалтийско-финское происхождение. Её основа, суффикс и география бытования указывают на эстонские корни, а не на славянские.

Разбор фамилии стоит начать с окончания. Форма на -тс (а не на -ов, -ин или -ский) — характерный признак эстонской ономастики. В эстонском языке суффикс -ts часто выступает как уменьшительный или фамильярный, либо входит в состав фамилий, образованных от личных имён или прозвищ. Сама основа Муру- восходит к эстонскому слову muru — «лужайка», «дерн», «трава». Таким образом, исходное прозвище или неофициальное имя Муру (Murru) могло означать человека, жившего на лугу, у луга, или же быть прозвищем по характеру (сравните с русским «луговой» в значении «степной»).

Вероятнее всего, фамилия Муруметс образовалась от эстонского murumets — «луговой лес» или «лес на лугу». Это типичная для Прибалтики модель сложения двух слов в фамилию, обозначающую местность или урочище. Человек мог получить такую фамилию по названию хутора или деревни, где жил. Вторая часть -метс (mets) по-эстонски означает «лес», что делает всю фамилию прозрачным топонимическим указателем: «лес у луга».

В русском языке фамилия закрепилась без изменений, поскольку при интеграции эстонских фамилий в российскую имперскую систему их часто фиксировали в исходной форме, без добавления славянских суффиксов. Встречается она преимущественно среди потомков эстонских переселенцев в Сибири, Поволжье и на Северо-Западе России, а также в самой Эстонии. Носители фамилии Муруметс — это, скорее всего, потомки крестьян или хуторян, чьи предки получили фамилию по месту жительства в XIX веке, когда эстонцам массово присваивали фамилии.