Фамилия Мусагазинов — редкий случай среди русских фамилий, где тюркский корень осложнён необычным суффиксальным оформлением. В основе лежит арабо-тюркское имя Мусагази. Первая часть — Муса (арабская форма библейского Моисея, один из почитаемых пророков в исламе). Вторая часть — тюркское «гази» (араб. «гази» — воин за веру, участник газавата; в более широком смысле — победитель, герой). Таким образом, Мусагази — это составное имя-прозвище, которое можно перевести как «Муса-воитель» или «Муса-победитель». Подобные двухосновные имена (Ахметгази, Магомедгази) типичны для мусульманских народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии.

Словообразовательная модель фамилии заслуживает отдельного внимания. Обычно от имён на -и русские фамилии образуются через суффикс -ев (Али — Алиев, Гаджи — Гаджиев). Здесь же мы видим суффикс -ин, который в русской ономастике чаще присоединяется к основам на -а/-я (Муса — Мусин). Фамилия Мусагазинов построена так, как если бы исходная форма имени звучала как «Мусагазя» или «Мусагаза» — то есть с конечным гласным, который в процессе адаптации дал «-ин». Либо же, что вероятнее, суффикс -ин был добавлен к полной форме имени Мусагазий (с конечным -ий, как у имён Виталий, Арсений), а затем произошло усечение: Мусагазиев могло перейти в Мусагазинов под влиянием более привычных русских фамилий на -ин. Это редкий пример фонетической и морфологической русификации, где имя «перекроили» по образцу фамилий вроде Кузьмин, Ильин.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир, а также встречается у казахов. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний фамилия не фиксируется массово — она явно поздняя, скорее всего, оформилась уже в советское время, когда мусульманские имена активно записывали в паспорта с русскими фамильными суффиксами. Носители фамилии — потомки людей, носивших имя Мусагази; их предки могли быть как духовными лицами (муллами), так и обычными крестьянами или казаками, но в любом случае имя указывает на религиозный контекст — «воин за веру» в составе личного имени было знаком уважения и благочестия.