Фамилия Мусагажинов — яркий пример того, как в русской фамильной модели закрепилось имя, пришедшее из арабского мира через тюркское посредничество. Её основа — составное мужское имя Мусагажи (варианты: Муса-Гаджи, Мусагаджи). Первая часть, Муса, — это коранический пророк Моисей (Муса), имя, чрезвычайно распространённое у мусульманских народов. Вторая часть, Гаджи (или Хаджи), — почётный титул, который получал мусульманин, совершивший паломничество (хадж) в Мекку.

Таким образом, имя Мусагажи буквально означает «Муса-паломник» или «Муса, совершивший хадж». Скорее всего, так назвали мальчика в честь деда или уважаемого односельчанина, который носил это имя, или же отец сам был хаджи и дал сыну имя, подчёркивающее благочестие. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Мусагажин- добавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Мусагажи»). Форма «Мусагажинов» закрепилась в документах, когда носителей начали записывать в метрические книги и ревизские сказки.

Географически фамилия тяготеет к регионам традиционного проживания кумыков, даргинцев, лезгин, а также чеченцев и ингушей. Особенно часто она встречается в Дагестане, где имя Гаджи — одно из самых популярных, а составные имена с «Муса» — не редкость. Встречается она и у казахов, но там чаще фиксируется форма Мусагажиев.

В русском языке фамилия прошла адаптацию: конечное -ий в исходном имени (Мусагажий) перешло в -ин перед суффиксом, что дало Мусагажин, а затем и Мусагажинов. Это довольно редкая модель: не просто «сын такого-то», а «сын того, кто носит имя Мусагажи». В ономастических справочниках фамилия не фигурирует как массовая, что указывает на её относительно позднее оформление (вероятно, в XIX — начале XX века) и локальный характер. Носители такой фамилии почти наверняка происходят из мусульманской среды Северного Кавказа или Закавказья, где память о хаджи была важным социальным маркером.