Фамилия Мусаян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -ян. В армянской ономастике этот суффикс (и его более древняя форма -янц) выполняет ту же функцию, что русские -ов/-ев или -ин: он указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка. Буквально Мусаян означает «из рода Мусы» или «потомок Мусы».

Основа фамилии — личное имя Муса. Это арабизированная форма библейского имени Моисей (Моше), широко распространенная у народов, исповедующих ислам, и у христиан Передней Азии. В армянской среде имя Муса встречалось как среди армян-григориан, так и среди армян-мусульман (хемшилов), поэтому фамилия не является маркером строго одной конфессии.

Интересная деталь: в отличие от многих армянских фамилий, которые закрепились в XIX веке при переписях Российской империи, фамилия Мусаян могла возникнуть и раньше, в среде ремесленников или сельских общин. Например, в Западной Армении (историческая область, ныне на востоке Турции) существовало село Муса-даг, и фамилия могла быть топонимической — от названия местности, где жил род.

В русском языке фамилия склоняется по общим правилам: Мусаяна, Мусаяну и так далее, но женский вариант (Мусаян) остается неизменяемым. Географически фамилия наиболее часто встречается в Армении, а также в армянских диаспорах России, Грузии и стран Ближнего Востока.