Фамилия Мушанский, скорее всего, имеет географическое происхождение и образована от названия населённого пункта. Суффикс -ский указывает на то, что её носитель — выходец из места, которое в основе фамилии. Такую модель часто называли «дворянской», но на практике она была распространена и среди духовенства, и среди мещан, и даже среди крестьян, особенно в западных губерниях Российской империи.

Главная загадка фамилии — в корне «Мушан-». Самая прямая версия связывает её с топонимом Мушаны. Такое название носят несколько сёл и деревень в Беларуси и на Украине. Например, село Мушаны в Житомирской области Украины или деревня Мушаны в Минской области Беларуси. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвание «Мушанский» — то есть «из Мушан». В польском языке также встречается название Muszany, что подтверждает западнорусский или польский след фамилии.

Существует и альтернативная, менее вероятная версия — от прозвища «Мушан», которое могло быть связано с диалектным словом «муша» (в некоторых говорах — «муха»). Но тогда фамилия скорее получила бы суффикс -ин или -ов (Мушин, Мушанов), а суффикс -ский говорит в пользу географической привязки. Кроме того, в ономастике известны фамилии, образованные от названий народов: например, «Мушан» могло быть вариантом этнонима «мушане» — жителей исторической области Муш в Армении, но для русской фамилии это экзотика, и подтверждений такому происхождению нет.

Изначально фамилия Мушанский фиксировалась преимущественно на землях современной Беларуси и Украины, а также в Царстве Польском. В XIX веке носители фамилии встречались среди православного и католического духовенства, мелкой шляхты и крестьян. В советское время фамилия расселилась шире, но остаётся относительно редкой.

Если коротко: предки носителя фамилии Мушанский, вероятнее всего, жили в селе или местечке с названием Мушаны, а фамилия закрепилась за ними после переезда в другой регион.