Фамилия Мушайло — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. Её основа — тюркское «муша» (муса), то есть имя Моисей в исламской традиции. Но суффикс -айло выдаёт нечто иное: это типичный формант для украинских и белорусских фамилий, образованных от прозвищ или имён через суффикс -айло/-яйло (сравните: Гуляйло, Шумейло, Копайло). Такие фамилии часто обозначали деятеля по характерному действию или свойству. В случае с Мушайло — «тот, кто мушает», то есть говорит невнятно, бормочет (от диалектного «мушать» — мямлить, говорить неразборчиво). Это прозвище могли дать косноязычному или задумчивому человеку.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В польском и западноукраинском диалектах «muszajło» (от «musieć» — быть должным) могло означать упрямца или человека, который действует по принуждению. Но здесь важна оговорка: суффикс -айло в польской ономастике редок, чаще встречается в восточнославянских землях. Поэтому версия с «мушать» выглядит убедительнее: она объясняет и форму, и типичную для прозвищ негативную окраску.

Географически фамилия Мушайло тяготеет к западу Украины и югу Беларуси — регионам, где тюркские имена смешивались со славянскими суффиксами. Встречается она и в России, но редко, чаще как результат миграций XIX века. Сословно предки Мушайло почти наверняка были крестьянами или мещанами — дворянские фамилии с таким «прозвищным» суффиксом не образовывались.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что её основа не даёт однозначного толкования без регионального контекста. Если бы Мушайло жил в Поволжье, корень можно было бы возвести к татарскому «муса» (Моисей) с русским суффиксом -айло, но это натяжка: в татарских фамилиях такой формант не характерен. Так что наиболее вероятно: предок был прозван Мушайлом за манеру речи, а фамилия закрепилась в западных губерниях Российской империи.