Мушайлов — фамилия, которая звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её происхождение, скорее всего, связано с тюркскими или кавказскими языками, где основа «мушай» или «муша» встречается в личных именах и прозвищах. Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилий, что типично для народов, вошедших в состав Российской империи: фамилию русифицировали, добавив патронимическое окончание.

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского имени Мушай (варианты: Муша, Мушайбек). В переводе с тюркских языков «муша» может означать «счастливый», «удачливый» или быть формой арабского имени Муса (библейский Моисей). Встречается и версия, связывающая фамилию с чеченским или ингушским словом «муша» — «медведь». В таком случае прозвище Мушай мог получить человек, обладавший медвежьей силой или внешностью.

Географически фамилия Мушайлов распространена в регионах с тюркским и кавказским населением: в Дагестане, Чечне, Татарстане, а также среди азербайджанцев. Встречается она и у русских, но крайне редко — обычно это потомки тех, кто переселился из этих регионов.

По социальному происхождению носители фамилии чаще всего были крестьянами или казаками. В сословных списках XIX века Мушайловы могли значиться как «инородцы» или «горцы», принявшие православие, но нередко фамилия сохранялась и у мусульман, просто записанная по-русски. Интересно, что ударение в фамилии плавающее: одни произносят Муша́йлов, другие — Мушайло́в, что связано с разной региональной традицией.

Есть и редкая версия, что фамилия могла возникнуть от прозвища, связанного с глаголом «мушать» (диалектное — «мешать», «путать»). Но она слабая: в русских говорах такой корень не зафиксирован как основа для прозвищ. Поэтому тюркское или кавказское происхождение остаётся основным.