Фамилия Мущерова — женская форма фамилии Мущеров, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев указывает на принадлежность: в основе лежит прозвище или имя Мущер, а сама фамилия отвечала на вопрос «чей сын?» или «чьи люди?». Это типичная русская патронимическая модель, распространённая в центральных и северных губерниях.

Корень «мущер» — редкий и неочевидный. Самая вероятная версия: он восходит к диалектному слову «мущера» или «мущер» — так в некоторых говорах называли мохнатую шапку, треух, или, шире, нечто лохматое, растрёпанное. Прозвище Мущер могли дать человеку с густыми, торчащими волосами, либо тому, кто постоянно носил шапку определённого покроя. Менее убедительна связь с тюркскими языками (например, «муш» — кот), так как фамилия не имеет характерных для татарских или башкирских фамилий суффиксов и бытует в русскоязычной среде.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мущерин, Мущеряков — показывает, что все они образованы от одной основы, но разными суффиксами. Мущерова стоит в том же ряду, что и Шаповалов, Шлыков, Колпаков: прозвище по головному убору или его особенностям. Географически фамилия встречается спорадически, без явного гнезда, что говорит о локальном происхождении — вероятно, из одной или нескольких деревень, где жил род Мущеровых.

Что касается сословной принадлежности: по модели на -ов фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам или духовенству. Дворянской фамилией Мущерова не значится — в «Общем гербовнике» её нет. Таким образом, предки носителя фамилии — люди, получившие прозвище по внешнему виду или детали быта, и закрепившие его за своим родом в XIX веке, когда фамилии стали обязательными для всех сословий.