Фамилия Мущерякова — женская форма от мужской фамилии Мущеряков. В основе лежит прозвище или именование Мущеряк, которое, скорее всего, связано с этнонимом «мещеряк» (или «мишарь»). В русском языке слово «мещеряк» обозначало представителя тюркоязычной этнической группы, родственной татарам, жившей в Мещёрском крае (территория нынешних Рязанской, Владимирской, Тамбовской областей). Из-за особенностей произношения или местных говоров «е» перешло в «у»: Мещеряк → Мущеряк. Такая замена — не редкость в народной этимологии, когда звук меняется под влиянием аканья или просторечия.

По модели образования фамилия типична для русской ономастики: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («сын Мущеряка»). Если бы предок звался просто по этнониму, то его потомки получили фамилию, буквально означавшую «из рода мещеряков». Второй вариант происхождения — от прозвища, данного человеку, который внешне, по одежде или манере речи напоминал мещеряка. В любом случае, географическим центром фамилии должна быть территория бывшего Мещёрского края, а также Поволжье и Приуралье, куда мещеряки переселялись.

Суффикс -як в основе (Мущеряк) характерен для прозвищ, образованных от этнонимов или профессий: часто он придавал оттенок «человек из такой-то группы». Фамилия редкая: в официальных справочниках она не фиксируется как массовая, и её носители встречаются рассеянно. Это объясняется тем, что исходный этноним «мещеряк» со временем почти вышел из бытового употребления, а фамилия осталась как память о происхождении. В отличие от фамилий Мещеряков или Мишарёв, написание через «у» — локальная особенность, которая может указывать на конкретный говор или диалект той местности, где фамилия закрепилась.