Фамилия Мищеряков — это не самостоятельная основа, а фонетическая версия более распространённой фамилии Мещеряков. Такая замена «е» на «и» в первом слоге типична для народной речи и некоторых говоров, где безударная позиция сводит звучание к одному варианту. Поэтому, разбирая происхождение, мы говорим о прозвище Мещеряк, от которого по классической модели с суффиксом -ов и образовалась фамилия: Мещеряк → Мещеряков, а позже, в устном бытовании, и Мищеряков.

Мещеряками в старину называли мишарей — этническую группу, тесно связанную с татарами. Это не просто этноним, а ещё и социальный маркер. Исторически из мишарей формировалось войско, собранное из служилых татар, переселенных с территорий Пензенской и Симбирской губерний. Служилые люди несли военную повинность, а за это получали землю и жалованье, поэтому прозвище Мещеряк могло закрепиться за предком именно как указание на его происхождение или род занятий. Формирование этого войска происходило на правобережье Волги, а на севере ареал доходил до правобережья Оки.

Сами мишари объясняли своё происхождение по-разному. Одна версия ведёт их от древнего финского племени мещера, которое обитало в этих же краях и оставило заметный след в топонимике — вспомним хотя бы Мещёрскую низменность. Другая версия, не менее популярная, выводит мишарей из Золотой Орды, что тоже логично для тюркоязычного населения, принявшего участие в формировании служилого сословия. Скорее всего, истина где-то посередине: в этногенезе мишарей смешались и финские, и тюркские компоненты, а прозвище Мещеряк для русского окружения означало просто «человек из мещеры» или «тот, кто относится к мещерякам».

В конце XVI века правительство переселило часть мишарей на территорию Башкирии, чтобы укрепить восточные рубежи. Миграция с волжского правобережья на Урал продолжалась вплоть до середины XVIII века, поэтому фамилия Мищеряков встречается не только в исконных местах расселения мишарей, но и далеко за Уралом. Потомок человека с прозвищем Мещеряк, независимо от того, где он осел — на Волге, в Башкирии или в Сибири, — со временем получал фамилию Мищеряков.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: прозвище на -як (как Борздяк, Глушак) дало основу, к которой прибавили притяжательный суффикс -ов, отвечающий на вопрос «чей?». Такие именования, построенные по схеме «личное прозвище + -ов», широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. У славян фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого, и Мищеряков здесь ничем не выделяется на общем фоне, кроме своей редкой фонетической формы, которая и делает её отличимой от массовой Мещеряков.