Фамилия Мищерины образована от прозвища или нецерковного имени Мищера. В основе лежит слово «мищер», которое в ряде русских говоров означало «мещанин» — человека из податного сословия, городского обывателя, ремесленника или мелкого торговца. Однако есть и другая, более редкая версия: в некоторых диалектах «мищера» называли неряху или неопрятного человека. Какая из них верна для конкретной семьи, сказать трудно, но первая, социальная, встречается в фамилиях чаще.

Фамилия построена по типичной для русского Севера и центральных областей модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Мищера — Мищерин, то есть «сын Мищеры» или «человек из семьи Мищеры». Окончание -ы во множественном числе (Мищерины) закрепилось, когда фамилию стали передавать по наследству целому роду, а не отдельному человеку. В документах XVIII–XIX веков такие формы часто встречаются в переписных книгах, где записывали «двор Мищериных».

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным губерниям России, особенно к бывшим Тульской, Рязанской и Калужской. Там слово «мещанин» было в ходу, а фамилии на -ин от прозвищ с таким корнем — не редкость. Встречаются Мищерины и среди старообрядцев, которые иногда сохраняли архаичные формы прозвищ дольше остального населения.

Стоит заметить, что фамилия не имеет отношения к этнониму «мишари» (татарская этнографическая группа), хотя внешнее сходство иногда вводит в заблуждение. Слово «мищер» в русском языке — это местный вариант произношения «мещеряк» или «мещанин», а не заимствование из тюркских языков. Поэтому предки Мищериных, скорее всего, были не дворянами, а посадскими людьми или государственными крестьянами, жившими в городе или пригороде.