Фамилия Мищерин образована от прозвища Мещерин. По одной из версий, оно ведет свое начало от нарицательного «мещера» - «древнее племя финно-угорской языковой семьи, жившее по среднему течению реки Оки». В конце XV века земли Мещеры (современная Мещерская низменность) были подарены выходцам из Казанского царства, перешедшим на службу к царю, которых тоже стали называть мещерой или касимовскими татарами. Исходя из этого, можно предположить, что Мещерином прозвали либо того, кто принадлежал к племени мещера, либо выходца из земли Мещера. Согласно другой гипотезе, в основе этой фамилии лежит прозвище Мещера, которое восходит к прилагательному «мещерый». В саратовских говорах оно имеет значение «неучтивый, неуклюжий человек». Следовательно, прозвище Мещера отражало особенности характера и поведения основателя фамилии. Веселовского упоминаются родственные прозвища и фамилии: Русин и Василий Мещерин Федоровичи Черемисиновы (конец XV века, Ростов), Григорий Васильевич Мордвин Мещеринов, сын Мещерина Черемисинова (1550 год), а также Мещеряк Пестриков сын Качалов (середина XVI века, Новгород). Вероятно, изначально фамилия звучала как Мещерин, но со временем произошло чередование гласных е/и. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Мещерин, со временем получил фамилию Мищерин. Так, в Книге памяти Ставропольского края записаны чабан Мищерин Павел Устинович, который родился в 1882 году в селе Отказном Солдато-Александровского района, и Мищерин Яков Макеевич, рожденный в 1908 году в селе Горькая Балка.