Фамилия Мищеркин звучит необычно, и её происхождение действительно заслуживает отдельного разбора. Главная особенность — суффикс -кин, который указывает на принадлежность. Если фамилия на -ов или -ев чаще всего отвечала на вопрос «чей?» (чей сын? — Иванов), то суффикс -ин (а -кин — это его вариант после основ на -к и -ч) делал то же самое, но с основами, оканчивающимися на согласный. То есть Мищеркин — это буквально «сын Мищерки».

Кто же такой Мищерка? Самая прямая и логичная версия — это уменьшительная форма от прозвища или имени Мищеряк. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, «мищеряк» или «мещеряк» — это название представителя тюркской этнической группы мещеры (мишарей), которая исторически жила на территории современных Рязанской, Нижегородской, Пензенской областей и Татарстана. Прозвище Мищеряк давали человеку, который происходил из мещеры, либо говорил с характерным акцентом, либо перенял какие-то их обычаи. Со временем это прозвище превратилось в Мищерка, а от него — в фамилию Мищеркин.

Есть и другая, менее распространённая версия. В некоторых говорах «мищерой» могли называть не только народ, но и болотистую, низменную местность (от названия реки Мещерка или Мещеры — исторической области). В этом случае Мищерка — прозвище человека, жившего на болоте, в низине, или выходца из Мещерского края.

Интересно, что фамилия Мищеркин довольно редкая. Встречается она преимущественно в центральных регионах России и в Поволжье — как раз в зоне исторического расселения мещеры. В отличие от фамилий на -ов (Мищеров, Мещеряков), которые могли возникать из полной формы прозвища, форма на -кин подчёркивает именно уменьшительное, бытовое именование. Предок Мищеркиных, скорее всего, был не знатным человеком, а крестьянином или посадским, которого в деревне знали по прозвищу Мищерка — либо из-за этнического происхождения, либо из-за места жительства.