Фамилия Мещеряков прямо указывает на географию: так называли выходца из Мещеры — обширной территории восточнее Рязани. Это основная и наиболее правдоподобная версия, которую поддерживают историки и ономасты. Прозвище Мещеряк, от которого образована фамилия, закрепилось за жителем этого края, и уже его потомки стали писаться Мещеряковыми.

Сам топоним «Мещера» исследователи связывают с финно-угорским племенем мещера, которое обитало в Приокском регионе с IX века и было подчинено половцам. Позже эти земли заселяли татары, и на них также перешло название «мещеряки». Существует и отдельное мнение, что мещеряками именовали народность тюркской языковой группы в Башкирии и Приуралье. Примечательно, что ко времени массового появления фамилий слово уже применялось и к русскому населению рязанского левобережья Оки. Лишь в северной части Тамбовской и северо-западной части Пензенской губерний оно ещё сохраняло значение «нерусский житель». Таким образом, основатель рода Мещеряковых почти наверняка был выходцем из селения на территории Мещеры.

Менее убедительная версия выводит фамилию от слова «мещерый». В саратовских говорах так называли неучтивого, невежливого или неуклюжего человека. Вероятно, прозвище Мещеряк иногда давали и по характеру, но для массовой фамилии географическая привязка выглядит естественнее.

Прозвище Мещеряк и родственные именования встречаются в документах с конца XV века. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Русина и Василия Мещериных Федоровичей Черемисиновых из Ростова, Григория Васильевича Мордвина Мещеринова (1550 год) и Мещеряка Пестрикова сына Качалова (середина XVI века) из Новгорода.

Исторические документы сохранили сведения о ранних носителях фамилии. В Белослудской слободе Верхотурского уезда жил «житничной дьячек» Захар Мещеряков, уроженец Тюмени; перепись 1680 года фиксирует его сыновей Василия, Бориса и Евтихия. Перепись 1695 года показывает, что в 1693–1694 годах в Катайском остроге поселился крестьянин Андрей Денисович Мещеряков из Сарапула (ныне в Удмуртии). Для Мещеряковых из прихода Калиновской слободы предком, вероятно, был один из её основателей (1674 год) — крестьянин Алексей Иванович Мещеряков. Двое его старших сыновей, Пимен и Даниил, несли «пушкарскую службу», а в переписи 1719 года упоминаются пушкари Иван и Пимен Алексеевичи Мещеряковы. Эти записи показывают, что фамилия уже в XVII веке бытовала в среде служилых людей и крестьянства на Урале и в Зауралье.

Среди известных однофамильцев — Николай Леонидович Мещеряков (1865–1942), российский литератор и публицист.