Фамилия Мушикьян — почти наверняка армянская, и её стоит разбирать именно в этом ключе. Русскому уху она кажется сложной, но в армянской ономастике всё прозрачно: типичный суффикс -ян (в старой орфографии -янц) означает «из рода такого-то» или «принадлежащий». Основа же — Мушик.

Самый прямой путь: Мушик — это уменьшительно-ласкательная форма армянского имени Муш (или Мушег). Имя древнее, восходит к эпохе Урарту: так звали, например, одного из легендарных родоначальников армянского народа. Если переводить «Мушик» буквально, то «маленький Муш» или «Муш-сын». Соответственно, Мушикьян — «из рода маленького Муша» или «потомок Мушика». В быту такое прозвище могли дать младшему сыну в семье, где отца звали Муш, или просто человеку невысокого роста с именем Муш.

Есть и менее очевидная версия. В некоторых диалектах армянского языка «муш» означало «туман», «мгла». Тогда Мушик — «туманный», «пасмурный» — могло быть прозвищем человека с задумчивым или мрачным нравом. Но эта гипотеза слабее: в антропонимике прозвища от природных явлений встречаются, но имя Муш исторически куда весомее и даёт больше фамилий.

Географически фамилия тяготеет к западу исторической Армении. Город Муш (ныне на востоке Турции) был крупным культурным центром, и выходцы оттуда нередко получали фамилии по названию родного места. Если предок Мушикьяна был родом из Муша, то фамилия — топонимическая, а суффикс -ян лишь закрепил связь с местом. Однако в этом случае ожидалась бы форма Мушеци (житель Муша) или Мушян, а Мушикьян всё-таки держится за личное имя.

В написании фамилии возможны варианты: Мушикян (с одним «ь») или Мушикянц (старая форма с конечным -ц). Встречается она нечасто, в основном в среде потомков западных армян, рассеянных по диаспоре, — от Ближнего Востока до Франции и США. В России фамилия редкая, но встречается среди армянских общин.

Подводя итог: основа — имя Мушик, суффикс — родовой -ян. Фамилия указывает на происхождение от предка по имени Мушик, которое, в свою очередь, связано с древним армянским именем Муш.