Фамилия Мушиков на первый взгляд кажется простой, но её происхождение неочевидно. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Мушиков», то есть сын или потомок человека по прозвищу Мушак или Мушик. Но вот что скрывается за этим корнем — вопрос, требующий разбора.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским или кавказским словом «муша» или «муши» — так в ряде языков (например, в лезгинском или аварском) называют мышь. Прозвище Мушак могли дать человеку маленького роста, юркому, тихому или, наоборот, тому, кто, как мышь, пробирался незаметно. В русских говорах тоже есть слово «мушик» — уменьшительное от «муха», но здесь оно встречается реже. Если основа тюркская, фамилия могла возникнуть в среде обрусевших народов Кавказа или Поволжья, а затем закрепиться среди русского крестьянства.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — от мужского имени Мушик, которое могло быть домашней формой от церковного имени Михей или Михаил. В народе имена часто усекали и переделывали: Михей — Мих — Муха — Мушик. Такая цепочка не редкость, но в случае с Мушиковым она менее убедительна, потому что имя Мушик как самостоятельное почти не фиксируется в святцах.

Географически фамилия Мушиков встречается в основном на юге России и в Закавказье — в Ростовской области, Ставрополье, Дагестане. Это косвенно подтверждает тюркскую или кавказскую версию: именно в этих регионах активно смешивались русские, тюркские и горские языки, оставляя след в фамилиях. В центральных и северных областях России фамилия редка.

Таким образом, предок современных Мушиковых, скорее всего, получил прозвище за сходство с мышью — не обязательно обидное, а скорее описательное: маленький, шустрый, незаметный. Фамилия сохранила это прозвище в форме притяжательного прилагательного, и спустя века мы можем лишь гадать, каким именно был тот первый Мушак.