Фамилия Мушичков — одна из тех, где разбор начинается не с корня, а с суффикса. Окончание -ов указывает на типичную русскую модель: фамилию образовали от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью притяжательного суффикса. Но цепочка длиннее, чем кажется: основа «Мушичк» сама по себе является уменьшительной формой. Суффикс -ичк- в прозвищах встречается редко, но именно он придает фамилии оттенок уменьшительности или, возможно, ироничной ласки.

Корень «муш-» ведет к двум версиям. Самая прямая — от слова «муха». Прозвище Муха давали человеку назойливому, суетливому или, наоборот, мелкому и незначительному. В старину такие «насекомые» прозвища были обычны: Жук, Комар, Овод. От Мухи через уменьшительную форму Мушичко (или Мушичка) и появился Мушичков. Вторая версия сложнее: возможна связь с диалектным «мушиться» — капризничать, дуться. Тогда прозвище Мушичка могло относиться к обидчивому, недовольному человеку. Прямой связи с тюркским «муша» (кошка) или с греческим «муза» здесь нет — фонетически и исторически они маловероятны.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где уменьшительные формы на -ко (Мушичко) особенно распространены. В переписных книгах XVII–XVIII веков подобные прозвища могли фиксироваться как «Мушичко», а при русификации фамилий в XIX веке добавилось стандартное -ов. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — прозвища такого типа редко встречаются в дворянских родах, где предпочитали более «благородные» основы.

В отличие от фамилий Мухин или Мухинский, которые просто указывают на муху, Мушичков сохранил редкий уменьшительный суффикс. Если Мухин — «сын Мухи», то Мушичков — «сын маленькой Мухи» или «сын того, кого звали Мушичкой». Эта деталь делает фамилию не просто прозвищной, а с оттенком личного, почти домашнего отношения к предку.