Фамилия Мушицкий — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с насекомым. В отличие от более частых «птичьих» и «звериных» фамилий, «мушиные» встречаются нечасто. Основа здесь — «муха», а точнее, прозвище Муха, которое в старину давали назойливому, юркому или просто невысокому человеку. Суффикс -ицк- указывает на типично польско-украинскую или белорусскую модель образования фамилий, характерную для шляхты и мещан. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, происходил с западнорусских земель, входивших в Речь Посполитую, где фамилии на -ский/-цкий были особенно распространены среди служилого сословия.

По другой, менее вероятной версии, фамилия могла образоваться от названия населённого пункта вроде Мушицы или Мушичи. Такие топонимы действительно встречаются на территории современной Беларуси и Польши, но их количество крайне мало, и связь с прозвищем Муха остаётся главной. В любом случае, фамилия Мушицкий — не дворянская по происхождению, а скорее прозвищная, то есть возникла как характеристика конкретного человека и закрепилась за его потомками.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мухин, Муханов, Мушинский — подтверждает, что все они отталкиваются от одного корня, но разные суффиксы показывают разную географию и социальный слой. Мушицкий стоит особняком, указывая на польско-литовский контекст. Сегодня фамилия редка, её носители рассеяны по России, Украине и Беларуси, но не образуют крупных гнёзд.