Фамилия Мушкеев звучит нечасто, и её разбор — хороший пример того, как за видимой простотой кроется неочевидная история. Сразу видно, что она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий. Вопрос в том, что это за основа — Мушкей.

Самая прямая версия отсылает к личному имени или прозвищу Мушкей. В русских говорах и в тюркских языках, с которыми русские крестьяне активно контактировали, слово «мушка» или «мушке» могло означать что-то мелкое, юркое — например, мошку, букашку, а в переносном смысле — невысокого, подвижного человека. Суффикс -ей в прозвищах (сравните: Копей, Михей, Мушкей) характерен для народной, разговорной ономастики. Таким образом, Мушкей — это прозвище по внешности или характеру, а его сын стал Мушкеевым.

Есть и другая, более редкая версия, связанная с географией. В Поволжье и в некоторых регионах Сибири фиксировались фамилии на -еев с тюркскими корнями. Здесь возможна связь с тюркским словом «мушкул» (трудный, сложный) или с каким-то местным гидронимом — названием речки или оврага. Однако для фамилии Мушкеев эта гипотеза слабая, так как в тюркских языках переход «л» в «й» на конце нехарактерен, и форма «Мушкей» выглядит именно как русское прозвище, а не калька с восточного имени.

С точки зрения социального контекста, Мушкеевы — это почти наверняка крестьянский род. Фамилии на -ев без дворянских суффиксов (-ский) в центральной России и на юге чаще всего фиксировали именно за бывшими крепостными или государственными крестьянами. Встречаемость фамилии крайне низкая: она не входит в списки распространённых русских фамилий, а значит, её носители, скорее всего, происходят из одного-двух компактных гнёзд — например, из бывших Рязанской или Тамбовской губерний, где прозвища с уменьшительными суффиксами были особенно в ходу. Никаких выдающихся исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное, «недворянское» происхождение.