Фамилия Машкеев в своей основе почти наверняка хранит память о мужском имени Матвей. В дохристианской и раннехристианской традиции это имя означало «дарованный Богом», а в русском быту оно дало множество обиходных форм. Одна из них — Машкей — и легла в основу фамилии. Такая модель типична: полное имя закреплялось за социальной верхушкой или наиболее уважаемыми людьми, тогда как остальных чаще звали уменьшительными формами. Поэтому фамилия Машкеев указывает на предка, которого в его окружении звали просторечно, по-домашнему, но при этом именно эта форма стала родовым именем для его потомков.

Стоит добавить, что имя Матвей на Руси почиталось благодаря преподобному Матфею Новоторжскому, архимандриту и первому подвижнику из иноков на Руси. По преданию, он прибыл в X веке вместе с братьями на службу к князю Борису, сыну Владимира, княжившему тогда в Ростове. Матвей скончался в глубокой старости, а его имя осталось в святцах, что поддерживало популярность имени среди крестьян и горожан. Так что фамилия Машкеев могла возникнуть в среде, где имя Матвей было широко распространено, но при этом носители предпочитали не официальную, а разговорную его форму.

Существует и вторая версия, менее правдоподобная, но всё же встречающаяся в народной этимологии. Согласно ей, фамилия восходит к женскому имени Мария, точнее к его производной форме Машка. В таком случае Машкеев означал бы «сын Машки» или «потомок Марии». Имя Мария переводится с древнееврейского как «любимая, желанная» или «госпожа», и женские имена действительно иногда становились основой для фамилий, но обычно в тех случаях, когда мать играла ключевую роль в семье — например, после смерти отца или при рождении ребёнка вне брака. Однако для фамилии Машкеев эта версия выглядит натянутой: суффикс -еев в сочетании с основой Машк- скорее указывает на мужское имя, чем на женское, поскольку мужские уменьшительные формы на -ей (-кей) были широко распространены, тогда как от женских имён чаще образовывали фамилии с суффиксом -ин (Машкин).

Если опираться на словообразовательную модель, то фамилия Машкеев построена по типу отчеств: суффикс -ев присоединён к основе Машкей-. Такой тип характерен для русских фамилий, формировавшихся в XV–XVII веках, когда имя отца в разговорной форме становилось фамилией сына. Аналогичные фамилии — Машков, Машкевич, Матвеев — встречаются по всей России, но форма Машкеев более редкая и географически тяготеет к южнорусским и украинским землям, где мягкое окончание -ей было обычным в обиходной речи. В целом же фамилия Машкеев — это яркий пример того, как церковное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в родовом прозвании и донесло до нас живую речь предков.