Фамилия Машкенцев — редкий случай, когда географическая привязка проясняет происхождение быстрее, чем разбор корня. Если отбросить догадки, основа «Машкен» почти наверняка ведёт в Казахстан или Среднюю Азию: это искажённое русской записью название населённого пункта Машкен (Машкан, Машкент). Такие топонимы встречаются в Южном Казахстане и Кыргызстане. Значит, первый носитель фамилии получил прозвище «Машкенец» — то есть выходец из этого селения или местности. Суффикс «-ец» в прозвищах указывал на чужого, пришлого: «саратовец», «астраханец», «машкенец». А уже от этого прозвища образовали фамилию по стандартной русской модели «-ев»: Машкенцев.

Версия с тюркским личным именем Машкен (от «маш» — «рубин» или «маша» — «механизм»?) маловероятна: такое имя не зафиксировано в ономастиконах. Куда правдоподобнее, что корень — топоним. Подтверждает это и ареал фамилии: по данным открытых телефонных справочников, Машкенцевы компактно живут в Оренбургской области и на юге Урала — как раз в зоне исторических контактов с казахскими землями. Именно оттуда в XVIII–XIX веках переселенцы могли принести прозвище, закрепившееся за родом.

Суффикс «-ев» при стандартном «-ов» — не ошибка, а особенность: если основа прозвища оканчивалась на мягкий или шипящий звук (Машкенец), фамилия писалась через «-ев». Модель образования простая: прозвище → отчество в родительном падеже («чей сын?» — Машкенцев).

В дореволюционных источниках фамилия не встречается в дворянских родословных книгах — скорее всего, её носили крестьяне или казаки, переселившиеся в русские губернии из приграничных степей. Сейчас это редкая фамилия: по подсчётам на основе телефонных баз, в России живёт не более двух-трёх сотен Машкенцевых.