Фамилия Машконцев — редкий случай, когда суффикс -ев указывает не на отчество от крестильного имени, а на прозвище, связанное с ремеслом или бытовой чертой. В основе лежит не «Машкон» (такого имени или слова в русском языке нет), а диалектное или искажённое «машка» — уменьшительное от «масть» (пятно, отметина, цвет шерсти). В южнорусских и казачьих говорах «машкой» называли не только лошадь с тёмным пятном на морде, но и человека с родимым пятном, шрамом или просто темноволосого. Прибавив к «машка» суффикс -он (как в «петух» — «петушонок»), получили прозвище Машкон — «тот, кто с отметиной» или «сын Машки». Фамилия закрепилась, когда прямого значения уже не помнили, и -ев добавили по стандартной модели: Машкон → Машконцев.

Географически фамилия тяготеет к Ростовской области и Ставропольскому краю — регионам, где оседлое казачество и крестьянство часто давало прозвища по внешним приметам. Изредка встречается в документах XIX века среди однодворцев (государственных крестьян) южных губерний. Другие версии — от тюркского «маш» (знаток, умелец) или от искажённого имени Матвей (Машко) — менее убедительны: в таком случае фамилия звучала бы как Машков или Машковцев, без носового «н». Машконцев — пример того, как живая речь «съела» исходное слово, оставив лишь узнаваемую, но уже не прозрачную форму.