Фамилия Машкинов — это отчество второго порядка, то есть «сын Машкина и внук Машки». Такую модель образования в ономастике называют «двойным патронимом»: сначала от имени Машка появилось отчество Машкин для сына, а затем от этого отчества сделали следующее — Машкинов для внука. Подобный способ был распространён в русских фамилиях, особенно в среде крестьянства и посадских людей, где полные трёхчленные именования с двумя поколениями предков помогали точнее различать тёзок.

Имя Машка — это просторечная, обиходная форма канонического женского имени Мария. Оно восходит к древнееврейскому Мириам, которое традиционно переводят как «высокая», «превознесённая», хотя точное значение спорно — некоторые исследователи выводят его из египетского корня со значением «возлюбленная». Имя Мария всегда было одним из самых частых в христианском мире, потому что так звали мать Иисуса Христа. Но в православной традиции девочек чаще нарекали не в честь Богородицы, а в честь других святых — Марии Египетской или Марии Магдалины. Отсюда и огромное количество производных форм: Марья, Маня, Маруся, Муся, а также Маша и уменьшительная Машка.

Важная деталь: фамилия Машкинов образована не от церковной формы, а именно от разговорной, что говорит о бытовой среде возникновения. Такую фамилию вряд ли дали бы в книжной, грамотной семье — скорее, её закрепили за человеком в крестьянской или мещанской среде, где в обиходе использовали просторечные имена. Суффикс -ов в сочетании с основой на -ин даёт редкую для русского словообразования двойную фамильную примету: Машкин + -ов. Это отличает фамилию от более простых Машкин или Машков — последняя образована напрямую от Машко, ещё одной уменьшительной формы.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, хотя точной географической привязки к одному региону нет. Как и многие отчества второго порядка, она не указывает на род занятий предка, а только на имя бабушки по отцовской линии. Если копнуть глубже, можно предположить, что родоначальник фамилии жил в XVIII–XIX веках, когда такие «внучьи» отчества массово закреплялись в качестве наследственных фамилий. Потомок человека по имени Машка со временем и получил фамилию Машкинов.