Фамилия Машкинова — женская форма от Машкинов, а та, скорее всего, образована от прозвища или мирского имени Машка. Вопреки интуиции, напрямую связывать её с уменьшительным от «Мария» не совсем верно: в русской ономастике основа «Машк-» часто восходит к слову «машка» — так в некоторых говорах называли самца борова, хряка, или же давали кличку домашнему животному. В словаре В. Даля «машка» — это ещё и вид медвежьей ловушки, а также просторечное название морды, хари. Прозвище Машка мог получить человек с грубоватыми чертами лица, либо, что вероятнее, владелец борова-производителя или охотник, промышлявший этим зверем.

Суффикс -ин- в фамилии указывает на принадлежность: Машкинов — сын Машки или из рода Машки. Такая модель (основа на -а/-я + -ин) типична для северных и центральных русских земель. Если бы фамилия была образована от полного церковного имени Матфей (через форму Матюшка), то мы бы увидели суффикс -ов: Матюшков. Здесь же — именно бытовая, нецерковная основа.

Регионально фамилия встречается в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Татарстане. В метрических книгах XIX века Машкиновы — чаще государственные крестьяне или мещане, то есть люди, не принадлежавшие к дворянству. Это косвенно подтверждает «ремесленное» или прозвищное происхождение: предок мог быть скотником, охотником или просто обладателем броской внешности.

Есть и более редкая версия: в некоторых тюркских языках «машк» (mashq) означает «упражнение», «тренировка», но для русской фамилии это маловероятно — скорее случайное созвучие, чем реальный корень. Если искать параллели, то стоит вспомнить фамилии Машкин, Машков — они однокоренные, но с разными суффиксами; Машкинова стоит в одном ряду с Машкиным, а не с Машковым.