Фамилия Машкин отвечает на вопрос «чей?» и происходит от женского имени Мария, точнее — от его просторечной формы Машка. Такое образование от женского имени — редкость для русской ономастики: фамилии обычно строили от мужских имен, ведь главой патриархальной семьи считался мужчина. Поэтому Машкины — это, как правило, потомки женщины, которая вела хозяйство самостоятельно: вдовы, солдатки или матери, воспитавшей детей без мужа. В таких семьях прозвище «Машкин сын» или «Машкин внук» закреплялось за детьми и передавалось дальше по наследству.

Имя Мария пришло на Русь вместе с христианством и восходит к древнееврейскому Мирьям. Точный перевод спорен, но чаще всего его толкуют как «любимая», «желанная», «госпожа». В народной среде имя быстро обрастало уменьшительными формами, и Машка стала одной из самых ходовых. От той же основы возникли однокоренные фамилии Машин, Машков, Машонкин, но Машкин отличается тем, что в его основе лежит именно грубовато-просторечный вариант имени, который в старину не считался обидным, а был обычным бытовым обращением.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Машкин буквально значит «сын Машки». Эта модель типична для северных и центральных русских земель, где притяжательные фамилии на -ин и -ов вытеснили более ранние формы именований. В документах XVII–XVIII веков фамилия встречается в переписных книгах как прозвище крестьян и посадских людей, а позже закрепляется как наследственная. Среди дворянских родов Машкиных не было — это фамилия простого сословия, что лишний раз подтверждает её народное происхождение.

Отдельно стоит сказать, что иногда основой могло стать и мужское имя Машко — так в старину называли людей, носивших имя Матвей или Максим, но эта версия менее вероятна: женская основа встречается чаще и лучше объясняет форму. В любом случае, носитель фамилии Машкин может с уверенностью связывать свою родословную с женщиной по имени Мария, чьё имя в народной памяти сохранило значение «госпожа» и «любимая».