Фамилия Машкович звучит на слух как типичная патронимическая, то есть образованная от имени предка по мужской линии. Так оно и есть: в её основе лежит имя Мошко — просторечная, обиходная форма церковных имен Мирон (в переводе с греческого «благоухающий») или Парамон (греч. «твердый, надежный»). Суффикс «-ович» указывает на отчество: Машкович буквально означает «сын Мошки». В белорусской и украинской традиции такие фамилии на «-ович» были широко распространены, в то время как в великорусских землях чаще использовали краткую форму «-ов».

Здесь мы сталкиваемся с любопытным фонетическим сдвигом: в фамилии корневая гласная «о» заменилась на «а». Это не ошибка письма, а влияние акающего произношения, свойственного русскому языку: в безударной позиции мы говорим «Машко», хотя пишем «Мошко». Со временем произносительная норма закрепилась и на письме, зафиксировав за фамилией её современный графический облик.

Существует и альтернативная, но менее правдоподобная версия, которая относит фамилию к группе образованных от женских имен. Согласно ей, в основе лежит производная форма имени Мария — Машка. В переводе с древнееврейского Мария означает «любимая, желанная», а также «госпожа». Подобные матриархальные фамилии возникали в особых обстоятельствах: когда ребенок был незаконнорожденным, либо воспитывался вдовой, либо мать брала на себя роль главы семьи из-за тяжёлой болезни мужа или его отсутствия — например, во времена рекрутских наборов, когда мужчины обязаны были служить в армии 25 лет.

Против этой гипотезы говорит сама словообразовательная модель. Фамилии от женских имён с суффиксом «-ович» встречаются крайне редко и почти всегда являются исключением. В то время как цепочка «Мошко → Машкович» абсолютно естественна и укладывается в классическую схему славянского имяобразования. Поэтому версия с мужским именем Мошко выглядит значительно убедительнее. В любом случае потомок человека по имени Мошко (или, при редком стечении обстоятельств, Марии) получил фамилию Машкович, которая закрепилась за его родом.