Фамилия Машкенцева хранит в себе редкую словообразовательную черту, которая сразу выдает её региональное происхождение. Основа здесь — мужское имя или прозвище Машкенец. Суффикс -ец в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на принадлежность человека к определённой местности или группе людей (например, «донец» — житель Дона, «туляк» — житель Тулы). В данном случае Машкенец — это человек, которого в округе называли по какому-то признаку, связанному с именем Машко.

Имя Машко — это просторечная, уменьшительная форма от канонического имени Матвей (через вариант Матфей) или, реже, от имени Михаил. В старину такие «полуимена» на -ко (Машко, Ванько, Петько) были широко распространены в южнорусских и украинских землях, а также в Белоруссии. Таким образом, Машкенец — это «сын Машка» или «человек из рода Машка». Фамилия же Машкенцева образована от отчества «Машкенцев» через притяжательный суффикс -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на шипящий или мягкий согласный (как раз «Машкенец»).

Главная особенность этой фамилии — её редкость и чёткая географическая привязка. Ареал распространения фамилий с суффиксом -енец/-инец (Коваленец, Гончаренец, Машкенец) — это в основном территория исторической Слобожанщины, современные Харьковская, Сумская области Украины и прилегающие районы России (Белгородская, Курская, Воронежская области). В этих краях в XVII–XVIII веках активно формировались казачьи и крестьянские фамилии именно по такой модели. Предок современных Машкенцевых, скорее всего, был вольным поселенцем или служилым человеком, которого в документах записали не по отцу, а по характерному для той местности прозвищу-патрониму.

Сейчас фамилия встречается в основном на юге России и в восточных областях Украины. Вариант написания с буквой «е» в суффиксе («Машкенцева», а не «Машкенцова») — более поздняя, литературная норма, закрепившаяся при паспортизации. В старых метрических книгах можно было встретить написание «Машкѣнцовъ» или «Машкенцовъ», что отражает живое произношение. Таким образом, фамилия Машкенцева — не просто «сын Матвея», а свидетельство о том, что её носитель происходит из определённого региона, где людей называли по отцу с помощью уменьшительного имени на -ко и суффикса -енец.