Фамилия Мушлякова образована от прозвища или мирского имени Мушляк. В основе, скорее всего, лежит диалектное слово «мушля» или «мушляк» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли улитку, раковину, а иногда и небольшой мешочек или кошель. Если отталкиваться от первого значения, прозвище могли дать медлительному, нерасторопному человеку (по ассоциации с улиткой) либо тому, кто собирал или торговал ракушками. Второе значение — «мешочек» — могло указывать на бережливого, запасливого хозяина или, наоборот, на того, кто носил при себе заметный кошель.

Суффикс -ов в фамилии Мушляков — стандартный русский патронимический формант, означающий принадлежность: «сын Мушляка». Женская форма Мушлякова — это вариант по мужу или отцу, в зависимости от контекста. Фамилия достаточно редкая, её очаг бытования — вероятно, южные области России, включая Ростовскую область, Краснодарский край, а также Украина. Встречается она и в среде донских казаков, где прозвища на -як были особенно распространены.

Стоит сделать оговорку: в некоторых случаях фамилию могли записать и как Мушляков, и как Мушлякова, но это не меняет её корня. Сравните с однокоренными фамилиями: Мушляев (от «мушля»), Мушкатов (от «мушкат» — мускатный орех, но это уже другая линия). В документах XVII–XVIII веков прозвище Мушляк фиксируется среди служилых людей и крестьян южного порубежья, что подтверждает бытовое, а не книжное происхождение фамилии.