Фамилия Мушницкая — вариант женского рода от Мушницкий. Её основа — слово «мушник» или «мушница», и здесь сразу возникает вопрос: что это за «муха»? В русских говорах «мухой» называли не только насекомое, но и мелкую монету, а также бойкого, пронырливого человека. Однако в данном случае более вероятна связь с географическим названием. Фамилия Мушницкий могла образоваться от топонима Мушница — такие деревни встречаются на Украине, в Беларуси и в Польше. Например, в Житомирской области есть село Мушница, и жители оттуда получали фамилию по названию места: Мушницкий — «тот, кто из Мушницы».

Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но в XIX веке такие фамилии массово давали и крестьянам, и мещанам, особенно в западных губерниях Российской империи. Так что Мушницкие могли быть как потомками польской шляхты, так и выходцами из крестьян, получившими фамилию при переписи.

Есть и другая, менее распространённая версия — от личного прозвища Мушник, которое могло означать человека, занимавшегося ловлей мух или торговлей мушиным ядом (такое ремесло существовало). Но это скорее исключение: прозвища от насекомых в русской ономастике редки и обычно давались с иронией.

В любом случае фамилия Мушницкая — нечастая, её носители рассеяны по территории Украины, Беларуси и России, а написание с двумя «н» (встречается вариант Мушницка) — следствие адаптации к русской орфографии или польского оригинала Muśnicka.