Фамилия Мустонен (в финском написании Mustonen) образована от прозвища Мусто (Musto), которое восходит к финскому прилагательному musta – «чёрный». Скорее всего, такое прозвище указывает на внешние особенности предка: прозвище Мусто мог получить человек со смуглой кожей, чёрными волосами или тот, кто носил тёмную одежду. До конца же XIX века большая часть финнов оставалась без фамилий, поскольку государство не нуждалось в том, чтобы идентифицировать каждого человека: подати тогда собирались не с отдельного человека, а со двора, то есть с каждой семьи. Также весьма характерным для финских фамилий является элемент –лайнен/–ляйнен: этот суффикс означает «похожий на что-либо, подобный чему-либо» или же «принадлежащий какой-либо народности», «происходящий из какой-либо местности».