Фамилия Мусулькин — редкий случай, когда основа настолько прозрачна, что сразу рождает догадку, но эта догадка часто бывает ложной. Несмотря на созвучие со словом «мусульманин», фамилия имеет не религиозное, а чисто русское, диалектное происхождение. Прямой связи с исламом у неё нет.

В основе лежит древнерусское прозвище Мусулька. Так в северных и центральных говорах называли человека неопрятного, чумазого, вымазанного в саже или грязи. Слово «мусолькать» означало пачкать, марать, а «мусолька» — чумазого ребёнка или неряху. Корень тот же, что в слове «мусор», но в более конкретном бытовом значении. Прозвище давали не в обиду, а как бытовую характеристику: «Мусулька» мог быть тем, кто вечно возится в золе, работает у печи или по хозяйству.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Мусульк- добавили суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин указывает, что предка звали Мусулька, и фамилия буквально означает «чей?» — «сын Мусульки». Такая модель типична для прозвищ на -а/-я и широко распространена на Русском Севере и в Поволжье.

Ареал фамилии подтверждает её русское, а не татарское или башкирское происхождение. Мусулькины встречаются в Кировской, Нижегородской, Вологодской областях, в Пермском крае — то есть в зоне древней русской колонизации. Если бы корень был тюркским, фамилия чаще попадалась бы в Татарстане или Башкирии, но там она редка.

Встречается и другой вариант написания — Мусулькин с ударением на второй слог, но это не меняет этимологии. Иногда фамилию ошибочно выводят от арабского «мусульман», но для этого в русском языке существовала бы форма «Мусульманов» или «Мусульманкин». Фонетика «Мусулька» выдаёт именно русскую уменьшительную форму, где суффикс -к- делает слово бытовым и даже ласкательным.

Таким образом, фамилия Мусулькин — это память о прозвище предка, который, скорее всего, был простым крестьянином, не чуравшимся чёрной работы, и его не слишком опрятный вид закрепился в родовом имени.