Фамилия Мусюрка — редкий случай в русской ономастике, где прозвище перешло в фамилию без изменений, сохранив исходную форму. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образуются с помощью суффиксов -ов, -ин или -ский, здесь мы видим «голую» основу. Это указывает на то, что фамилия, скорее всего, украинского или белорусского происхождения: в этих культурах прозвища часто становились фамилиями без дополнительного оформления. Сравните с фамилиями типа Сорока, Швец или Голова.

Корень «мусур» в славянских говорах имеет несколько значений, и все они связаны с бытовой жизнью. В южнорусских и украинских диалектах «мусур» — это мелкий сор, мусор, отходы. Прозвище Мусюрка могли дать человеку неопрятному, неряшливому, либо, напротив, тому, кто занимался уборкой или работал с отходами (например, золотарь или метельщик). Вторая версия отсылает к слову «мусурить» — сорить, пачкать, но в переносном смысле так могли сказать о человеке придирчивом или надоедливом, «сорящем» пустыми разговорами.

Суффикс -к- в данном случае играет уменьшительно-пренебрежительную роль, характерную для прозвищ. Он смягчает резкость основы: «мусор» звучит грубо, а «Мусюрка» — почти ласково, хотя и с оттенком иронии. Такая модель типична для деревенских прозвищ, которые давали не для оскорбления, а для узнавания: Мусюрка, Шурка, Митька.

В архивных записях фамилия Мусюрка встречается крайне редко, преимущественно на западе современной Украины и в приграничных районах Беларуси. Поскольку фамилия не переоформлялась в «Мусюркин» или «Мусюрков», это говорит о том, что её носители долгое время жили в среде, где фамилии фиксировались в разговорной, а не в официально-канцелярской форме. Встречаются варианты написания через «ю» (Мусюрка) и через «у» (Мусурка), что отражает местные особенности произношения редуцированного гласного.