Фамилия Музера — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а западноевропейское слово, но сама фамилия уже давно обрусела. Если смотреть на окончание -а, то в русском языке такие фамилии чаще всего женские (Музера — жена Музера), но в качестве исходной, родовой формы, скорее всего, выступает мужской вариант Музер. Фамилия эта не массовая, и её носители в России — это, как правило, потомки иностранцев, приехавших в страну в XVIII–XIX веках.

Корень фамилии — немецкое слово «Muser». В немецком языке оно имеет два основных значения. Первое — «музицирующий», «любитель музыки», «тот, кто играет на музыкальном инструменте» (от глагола musizieren). Второе, более прозаичное и вероятное для прозвища — «человек задумчивый, мечтатель, тот, кто «музирует» в смысле витает в облаках» (от глагола musen). В южнонемецких диалектах слово могло также означать «бездельник» или «лентяй» (человек, который только думает, но не работает). Таким образом, предок носителя фамилии мог быть либо музыкантом, либо получил ироничное прозвище за свою задумчивость.

Модель образования типична для немецких фамилий: существительное, обозначающее род занятий или характер, превратилось в фамилию без дополнительных суффиксов. В русскую среду фамилия попала через призму грамматики: немецкое Muser при склонении по-русски получило окончание -а в форме родительного падежа («сын Музера»), которое со временем закрепилось как базовое. Географически фамилия могла прийти с территории Австрии, Баварии или Швейцарии, где диалектное слово «Muser» было особенно распространено.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые сразу указывают на принадлежность («чей?»), фамилия Музера сохранила прямую связь с прозвищем. Она не говорит о месте жительства или отчестве, а характеризует самого первого носителя. Среди носителей фамилии в России можно встретить потомков обрусевших немцев, а также, возможно, людей с польскими или еврейскими корнями, где окончание -ер тоже встречается, но в данном случае именно немецкая основа — главная версия.