Фамилия Музганова образована от мужской формы Музганов, и её происхождение нужно искать в прозвище или имени Музган. Слово «музга» в русских говорах имеет несколько значений. В тверских, псковских и новгородских диалектах музгой называли сырое, топкое место, болотистую низину или мочажину. Человек, живший у такого места или на болотистой почве, легко мог получить прозвище Музга, а его потомки — фамилию Музгановы.

Есть и другая версия, менее распространённая, но тоже возможная. В некоторых областях «музга» означала «гной», «сукровица», а в переносном смысле — «плакса», «нытик», «болезненный человек». Тогда прозвище давали по характеру или внешности. Однако более вероятно первое, географическое объяснение: фамилии от названий местностей и примет ландшафта в русской ономастике встречаются чаще, чем прозвища по физическим недостаткам.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования — отчество или фамилию по отцу. То есть Музганов буквально значит «сын Музгана». Сама основа могла быть и полной, и усечённой: от Музга до Музган — с помощью уменьшительного или просторечного суффикса -ан. Такая модель (Иван — Иванов, Пётр — Петров, Музга — Музганов) характерна для крестьянских и мещанских фамилий центральной и северо-западной России.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях, а также в Татарстане. Это подтверждает связь с диалектной лексикой именно северо-западных говоров, откуда население в XVIII–XIX веках переселялось на Волгу. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами — в дворянских родословных книгах Музгановы не значатся. Ономастические словари, например работы Б. Унбегауна, не выделяют эту фамилию особо, но она хорошо ложится в описанную модель образования от прозвищ по географическим признакам.