Фамилия Музгаев образована от диалектного варианта мужского тюркского имени Музагит — Музгай. Имя Музагит в переводе с арабского означает «старающийся, усердный», «борец за религию, защитник народа». Согласно другой гипотезе, фамилия Музгаев образована от прозвища Музгай, основой для которого послужило славянское нарицательное «музга» - «впадина на поверхности земли, часто заливаемая водой». Вероятно, прозвище отражало особенности места жительства основателя фамилии (недалеко от канавы, ямы, рытвины).