Фамилия Музгина — женская форма фамилии Музгин, и её происхождение ведёт к прозвищу или нецерковному имени Музга. В русских говорах слово «музга» имело несколько значений, и чтобы понять, кем был первый носитель фамилии, нужно разобраться, какое из них легло в основу.

Самая вероятная версия связывает «музгу» с диалектным глаголом «музгать» — пачкать, марать, возиться в грязи. В таком случае Музгой могли прозвать неопрятного человека, грязнулю, либо того, кто по роду занятий постоянно пачкался — например, маляра, печника или сапожника. Прозвища, данные по внешнему виду или привычкам, были распространены на Руси: они закреплялись за человеком и переходили к его детям в виде фамилии.

Другое, менее очевидное значение слова «музга» — это «лужа», «топкое место», «болотце». В архангельских, вятских и сибирских говорах так называли небольшие стоячие водоёмы. Если фамилия пошла от этого корня, то Музгиным могли назвать человека, жившего у болота или на сырой низине. Такие «географические» прозвища тоже были типичны: они привязывали человека к месту его жительства.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Музгин», то есть сын Музги, потомок Музги. Это типичная русская модель образования фамилий от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия редкая и имеет ярко выраженную региональную окраску: чаще всего она встречается в Поволжье, на Урале и в Кировской области — как раз в тех краях, где слово «музга» в значении «лужа» или «грязь» было в ходу.

Таким образом, предки современных Музгиных — это либо люди, получившие прозвище за неопрятность или грязную работу, либо жители болотистых мест. Спор между этими версиями неразрешим без точных архивных записей, но оба варианта укладываются в логику народных прозвищ. В любом случае, фамилия Музгина — редкий пример того, как местное диалектное слово сохранилось в русском ономастиконе.