Фамилия Музгунова — женская форма от Музгунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Музгун. В основе лежит диалектное слово «музга», которое в разных русских говорах имеет два совершенно разных значения. Первое — «лужа, болото, топкое место». Второе, менее известное, — «небольшая рыба, вроде пескаря или гольца». Человек мог получить прозвище Музгун либо по месту жительства — у болота или сырого оврага, либо по занятию — ловец мелкой рыбы. Точнее определить, какая из версий верна, помогает география: фамилия встречается в основном в северных и центральных областях России, где слово «музга» в значении «топь» было широко распространено. Словообразовательная модель проста: основа Музг- (корень) + суффикс -ун, который в русских прозвищах часто указывал на склонность к чему-то или характерный признак (ср. Болтун, Говорун, Ворчун). Притяжательный суффикс -ов/-а добавился уже при оформлении фамилии, означая «сын Музгуна». Фамилия редкая, недворянская — предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, жившими вблизи сырых, неудобных для пашни земель. Встречаются варианты написания с одной «з» — Музгунова, но исходная форма с двойной «з» этимологически вернее, так как отражает корень «музг-».