Фамилия Мужубаев образована от казахского имени Мужубай, которое восходит к двум основам: арабской Мажит - «прославленный, знаменитый» и тюркской «бай» - «богатый, состоятельный хозяин». Также не исключено, что это имя восходит к казахскому глаголу «муьжу» - «глодать». В этом случае имя Мужубай мог получить ребёнок, родители которого желали ему быть обеспеченным пропитанием (то есть всегда иметь то, что можно глодать).