Фамилия Мужубаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Мужубаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Мужубаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Мужубаев образована от казахского имени Мужубай, которое восходит к двум основам: арабской Мажит - «прославленный, знаменитый» и тюркской «бай» - «богатый, состоятельный хозяин». Также не исключено, что это имя восходит к казахскому глаголу «муьжу» - «глодать». В этом случае имя Мужубай мог получить ребёнок, родители которого желали ему быть обеспеченным пропитанием (то есть всегда иметь то, что можно глодать). Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Мужубаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Мужубаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.